Naturligtvis har Zune sin egen mjukvara som användaren installerar på datorn. Mjukvaran används för att organisera musik i kategorier, bränna ut musiken på cd-skivor, handla på Zune Marketplace och naturligtvis för att synkronisera musikbiblioteket i datorn med Zune via en USB kabel. Zune mjukvaran är en modifiering av Microsoft Media Player.

Zune Marketplace erbjuder mer än 2 miljoner låtar för köp och nedladdning. Som användare köper man poäng som sen används för att köpa musik och annan underhållning till sin Zune. Varje låt kostar i USA idag ca $1. Ett andra alternativ är att prenumerera på ett Zune Pass för $14,99 i månaden. Ett Zune Pass låter användaren ladda ner så mycket musik det bara går och musiken fungerar så länge man förnyar sitt Zune Pass, avslutar man prenumerationen slutar också den nerladdade musiken att fungera. Microsoft har dock exkluderat en del låtar och material från Zune Pass som då bara kan köpas via Zune poäng.